Cladirea care gazduieste acvariul a fost construita la inceputul secolului XX ca anexa a Cazinoului si a functionat ca restaurant pana la reamenajarea ei pentru destinatia actuala. Spatiul expozitional al Acvariului este destinat prezentarii expozitiei permanente de fauna si flora acvatica, dar si unor expozitii temporare cu diverse tematici legate de biologie, ecologie acvatica si pescuit marin.
De-a lungul timpului Acvariul din Constanta a adunat peste 100 de specii de pesti si vietuitoare marine care apartin unor zone geografice diverse. Tinand cont de criterii ecologice, biogeografice si taxonomice, Acvariul constantean este structurat in trei sectii: Marina, Dulcicola si Pesti Exotici. Sectia Marina este cea mai mare si mai reprezentativa sectie a Acvariului si adaposteste specii de pesti si nevertebrate intalnite in Marea Neagra si migratori din Marea Mediterana.
Sectia Dulcicola prezinta specii de pesti si nevertebrate de apa dulce, care populeaza baltile si lacurile litoralului romanesc si apele Deltei Dunarii: ciprinide, crap, caras, rosioara, babusca, platica, sunt prezentate si rapitoare ca somn, salau, biban si stiuca. Sectia Pesti Exotici este o adevarat incantare pentru vizitatorii Acvariului. In bazinele sale inoata varietati de pesti care apartin diferitelor ecosisteme dulcicole din zone tropicale si subtropicale: varietati de peste Piranha, pestele cutit, pestele inger, pestele lopata, pestele pisica si multe alte tipuri de pesti cu un colorit bogat.